京平是日本一个名为“SEEK”的秘密非政府间谍组织的刺客，他的女友在一场悲惨的空难中丧生，他正沉浸在失去爱人的悲痛之中。此时，“SEEK”的领导人三云亮联系他，委托他执行一项紧急任务：营救一名同事，找回一种名为“RDX@”的新型高爆炸性液体，并阻止残暴的黑道头目小月惣治郎及其团伙控制日本。虽然人们一度认为忍者已经消失……但新一代的刺客依然存在，他们守护着日本和一切正义；忍者即将回归这种超现实的表现手法很前卫，拓展了电影语言的边界。